Nature Microbiology:克氏錐蟲全基因組圖譜分析
本文數據顯示,胰蛋白酶體基因組被組織成染色質折疊結構域,轉錄受到局部染色質結構的影響。我們提出了一個表觀遺傳機制影響錐體基因表達的模型。
胖是一種??!近150萬人研究,胖增加17種癌癥風險,越胖死亡率越高
該研究顯示,年輕時候肥胖,在以后的生活中,患17種不同癌癥的風險更高,包括肺癌、頭頸癌、腦癌、甲狀腺癌、食道癌、胃癌、胰腺癌、肝癌、結腸癌、直腸癌、腎癌、膀胱癌、黑色素瘤、白血病、骨髓瘤、霍奇金淋巴瘤
Genome Res:變分圖卷積自編碼器框架——PAST,可融合外部參考數據進行空間轉錄組數據降維分析
該模型不僅可以有效提取空間轉錄組數據的低維表示特征,辨識空間功能區(qū)域(Spatial Domains),還能夠促進數據可視化、發(fā)育軌跡推斷和偽時序分析等多種下游任務。
Nat Chem Biol:中國藥科大學肖易倍/陳美容發(fā)現pAgo介導細菌防御系統的新機制
該研究測定了嗜熱Crenotalea thermophila?SPARTA在被抑制、瞬時和激活狀態(tài)下的冷凍電鏡結構。
Cell Metabolism:中國科學技術大學熊偉等團隊合作發(fā)現暴飲暴食的潛在原因
該研究發(fā)現腸道微生物群的改變是導致OD小鼠和神經性貪食癥(BN)患者過量攝入美味食物的原因。
Genome Biology:scIBD:識別單細胞染色質開放性測序數據中異質雙聯體細胞的新工具
廈門大學王穎、南開大學陳盛泉課題組聯合開發(fā)了一個對不同單細胞染色質開放性測序數據,進行異質雙聯體細胞有效識別并去除的新工具。
Cell Reports:14種不同癌癥類型的mRNA-蛋白相關性分析揭示基因突變如何影響轉錄后調控
研究團隊分析了14種不同人類癌癥類型的mRNA-蛋白相關性,發(fā)現了具有低泛癌mRNA-蛋白相關性的特定基因群,闡明了癌癥驅動基因轉錄后調控水平,并揭示了癌癥基因突變如何影響轉錄后調控的水平。
【佳作推薦】佛羅里達國際大學Narasimhan小組NMI論文:使用Transformer網絡評估蛋白結合界面
佛羅里達國際大學Narasimh小組對MaSIF工程架構加以改進,提出了一個深度學習模型,即蛋白界面打分Transformer模型,用于準確高效地評估蛋白-蛋白對接。
表觀年齡逆轉67%!新研究發(fā)現,跨物種外泌體轉移,大幅逆轉年齡
該研究顯示,用年輕豬血液中外泌體成分治療老年大鼠,老年大鼠的表觀遺傳年齡平均逆轉了67.4%。如果這些結果同樣適用于人類,對人類來講,相當于80歲的老人回到26歲,簡直是返老還童啊。
Nat Commun:席瑞斌/苗素生團隊開發(fā)長讀長轉錄組數據的分析工具包TAGET
研究團隊提出了一個名為TAGET的綜合性計算工具包,用來分析Iso-seq全長轉錄組數據,包括轉錄本的映射和注釋、基因融合的檢測、差異表達分析以及差異同源異構體使用(DIU)分析。
Nature:哺乳動物松弛心臟肌節(jié)中天然肌球蛋白絲的結構
在細絲之間形成連接,而肌球蛋白,即所謂的運動蛋白,與細絲相互作用產生力和肌肉收縮。粗絲蛋白的改變與肌肉疾病相關。對于開發(fā)治療這些疾病的治療策略來說,細致的細絲圖片將是非常重要的,但迄今為止一直缺失。
SVN:殘留炎癥風險可預測無癥狀顱內動脈粥樣硬化狹窄支架置入術后的長期療效
對于 sICAS 患者,術前殘余炎癥風險可預測顱內支架置入術后缺血性卒中、支架內再狹窄和 無癥狀ISR的長期復發(fā)情況。
Cell子刊:張勇/朱大海/李程研究組合作揭示染色質架構蛋白CTCF參與調控細胞命運的分子機制
研究表明,CTCF與細胞類型特異的先鋒轉錄因子(pioneer transcription factor)協同形成染色質互作樞紐,共同調控譜系特異下游基因的表達,從而決定細胞分化的命運。