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Nature Methods：“魚”與“熊掌”兼得：MAPIT-seq，同時繪制單細(xì)胞RBP-RNA互作圖譜與表達(dá)譜
MAPIT-seq 技術(shù)通過原位編輯標(biāo)記，同步捕獲 RBP-RNA 互作與轉(zhuǎn)錄組，單細(xì)胞水平揭示動態(tài)調(diào)控，解決 PRC2 爭議，推動后轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究。
Nature Methods：細(xì)胞的“秘密自拍”：一部揭示近兩萬個基因功能的視覺百科全書
JUMP 聯(lián)盟通過細(xì)胞畫像技術(shù)擾動 1.5 萬基因，繪就基因功能形態(tài)圖譜，揭示 68% 基因的表型活性及新功能關(guān)聯(lián)，開放數(shù)據(jù)助力全球探索生命奧秘。
Nature Methods：“垃圾”數(shù)據(jù)里掘金！流式細(xì)胞術(shù)迎來革命，解鎖百萬細(xì)胞互作的秘密語言
這不僅是一個技術(shù)的突破，更像為我們提供了一副全新的“眼鏡”，讓我們能以前所未有的清晰度，去觀察、理解甚至預(yù)測細(xì)胞社會中的復(fù)雜動態(tài)。
Nature Methods：蛋白質(zhì)“變形金剛”設(shè)計指南：AI“腦補(bǔ)”自然進(jìn)化，一鍵生成智能分子開關(guān)
《Nature Methods》研究開發(fā) ProDomino AI 模型，通過學(xué)習(xí)天然結(jié)構(gòu)域插入數(shù)據(jù)，精準(zhǔn)預(yù)測蛋白質(zhì)變構(gòu)熱點，成功設(shè)計光控 / 藥控酶及 CRISPR 開關(guān)，革新蛋白質(zhì)工程設(shè)計范式。
Nature Methods：拋棄序列拼接的舊思維：SWING為蛋白質(zhì)相互作用量身打造全新“語言”
《Nature Methods》研究推出 SWING 模型，通過創(chuàng)建蛋白質(zhì)互作 “互動語”，精準(zhǔn)預(yù)測 pMHC 結(jié)合及突變影響，跨類別 / 物種表現(xiàn)優(yōu)異，革新互作預(yù)測范式。
Nature Methods：從“平面戰(zhàn)爭”到“立體戰(zhàn)場”：體外腫瘤模型的百年進(jìn)化史
體外腫瘤模型從二維細(xì)胞系發(fā)展到三維類器官等，模擬腫瘤復(fù)雜性提升，助力癌癥研究與精準(zhǔn)醫(yī)療。
Nat Methods：突破蛋白質(zhì)互作預(yù)測瓶頸！新交互語言模型SWING實現(xiàn)跨類型、跨物種精準(zhǔn)預(yù)測，助力變異效應(yīng)解析
美國團(tuán)隊開發(fā)的 SWING 模型，通過交互語言建模，精準(zhǔn)預(yù)測 pMHC 互作，實現(xiàn)跨類型、跨物種零樣本學(xué)習(xí)，優(yōu)于傳統(tǒng)工具，助力蛋白質(zhì)互作研究。
Nature Methods：從泊肅葉到庫埃特：一場流體力學(xué)革命，引爆DNA測序成本與速度雙重突破
研究通過 “卷對卷” 流體技術(shù)革新 DNA 測序，以庫埃特流替代傳統(tǒng)泊肅葉流，大幅提升速度、降低成本，數(shù)據(jù)質(zhì)量優(yōu)異。
Nature Methods：里程碑突破！研究人員將百萬堿基人類DNA植入小鼠胚胎，現(xiàn)場直播生命“開機(jī)”過程
研究通過合成 1.14Mb 人類 DNA 并送入小鼠胚胎，揭示生命初期表觀遺傳密碼從零建立的過程，包括組蛋白置換、甲基化調(diào)控等，開啟基因組編寫新紀(jì)元。
Nature Methods：解密大腦“社交網(wǎng)絡(luò)”：我們真的讀懂了腦信號的“悄悄話”嗎？
《Nature Methods》研究對 239 種腦功能連接統(tǒng)計方法基準(zhǔn)測試，發(fā)現(xiàn)方法選擇顯著影響結(jié)果，精度類方法在捕捉腦網(wǎng)絡(luò)拓?fù)洹⒔Y(jié)構(gòu) - 功能耦合等方面表現(xiàn)更優(yōu)，為腦科學(xué)研究提供工具選擇指南。
Nature Methods：大腦“羅塞塔石碑”問世：Krakencoder破譯連接組通用語言，開啟神經(jīng)科學(xué)大統(tǒng)一時代
研究推出 Krakencoder 工具，可將不同 “風(fēng)味” 的大腦連接組數(shù)據(jù)（結(jié)構(gòu) / 功能連接）翻譯并融合至統(tǒng)一潛空間，精準(zhǔn)保留個體差異，提升跨模態(tài)預(yù)測能力，為大腦連接研究提供通用框架。
Nature Methods：基因“看見”形態(tài)，圖像“聽懂”基因：OmiCLIP如何打破生命科學(xué)的“巴別塔”？
研究開發(fā)OmiCLIP視覺組學(xué)基礎(chǔ)模型及Loki平臺，通過對比學(xué)習(xí)整合220萬對組織病理圖像與空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，實現(xiàn)高精度組織對齊、細(xì)胞分解、基因表達(dá)預(yù)測等五大功能，為空間生物學(xué)和精準(zhǔn)醫(yī)療提供新工具。
Nature Methods：里程碑！ReLiC開創(chuàng)RNA功能研究新紀(jì)元
ReLiC平臺結(jié)合CRISPR與條形碼RNA讀數(shù)，可大規(guī)模解析基因敲除后RNA代謝響應(yīng)。其揭示翻譯、剪接、NMD等調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，如SF3B復(fù)合體差異作用，為研究RNA代謝及疾病機(jī)制提供新工具。
Nature Methods：長讀長測序“去偽存真”：SAVANA如何顛覆癌癥基因組分析的傳統(tǒng)認(rèn)知？
《Nature Methods》研究推出 SAVANA 算法，結(jié)合機(jī)器學(xué)習(xí)與讀段回溯定相，解決長讀長測序檢測腫瘤體細(xì)胞 SV/SCNA 時假陽性問題，提升靈敏度與特異性，助力癌癥基因組精準(zhǔn)分析。
Nature Methods：打破傳統(tǒng)瓶頸：InterpolAI以光流魔法，重塑高精度3D組織重建新范式
研究推出 InterpolAI 技術(shù)，基于深度學(xué)習(xí)與光流法，可修復(fù)生物醫(yī)學(xué)圖像損傷、填補(bǔ)信息空白，提升 3D 重建質(zhì)量，在多模態(tài)成像中表現(xiàn)優(yōu)異，為精準(zhǔn)解析組織微觀結(jié)構(gòu)提供新工具。
Nature Methods：超分辨“千里眼”：ALI技術(shù)如何穿透大腦“迷霧”，看清每個神經(jīng)元的電活動？
這項研究揭示，ALI能將神經(jīng)元的活動定位精度提高“十倍以上”！那些在傳統(tǒng)方法下被混淆的信號，如今能被清晰地分離出來，讓研究人員第一次真正地“看清”了每個神經(jīng)元獨立的“心跳”。
Nature Methods：解密生命分子“指紋”：先進(jìn)振動顯微鏡，無標(biāo)記洞察生物奧秘
傳統(tǒng)熒光顯微鏡依賴標(biāo)記，而基于相干拉曼散射（CRS）和振動光熱 / 光聲效應(yīng)（VIP）的先進(jìn)振動顯微鏡，無需標(biāo)記即可通過分子化學(xué)鍵振動成像，在速度、分辨率和深度上突破，廣泛應(yīng)用于生命科學(xué)多領(lǐng)域。
Nature Methods：從“猜”到“預(yù)見”：AI模型PUPS揭示單細(xì)胞蛋白質(zhì)定位的秘密
《自然?方法》研究提出 PUPS 方法，結(jié)合蛋白質(zhì)語言模型與圖像修補(bǔ)模型，可預(yù)測未知蛋白質(zhì)在單細(xì)胞中的亞細(xì)胞定位，捕捉跨細(xì)胞系及單細(xì)胞變異性，為解析蛋白質(zhì)動態(tài)行為提供新工具。
Nature Methods：解鎖類器官“數(shù)字孿生”：高速、精準(zhǔn)的3D分析新范式
“數(shù)字化類器官” 管線及 3DCellScope 軟件，借助 AI 實現(xiàn)類器官三級分割，提取形態(tài)與拓?fù)涿枋龇?，可快速分析其在?yīng)激、微環(huán)境等條件下的 3D 結(jié)構(gòu)變化，推動細(xì)胞生物學(xué)研究。
Nature Methods：細(xì)胞核里的“偵探”：FISHnet如何捕捉單個DNA的折疊秘密？
FISHnet是基于圖論的算法，可分析單細(xì)胞序列化Oligopaints成像數(shù)據(jù)，通過多距離閾值和模塊化優(yōu)化識別染色質(zhì)結(jié)構(gòu)域與邊界，能應(yīng)對數(shù)據(jù)噪聲和探針脫落，揭示單細(xì)胞異質(zhì)性及嵌套結(jié)構(gòu)，代碼已開源。
