Nature子刊 | 多用途深度學(xué)習(xí)方法sciPENN，可預(yù)測、插補scRNA-seq、CITE-seq蛋白質(zhì)表達
綜上所述，研究團隊開發(fā)了sciPENN深度學(xué)習(xí)模型，可以預(yù)測和估算蛋白質(zhì)表達，集成多個CITE-seq數(shù)據(jù)集，量化預(yù)測和估算不確定性。
測序中國 - sciPENN，、插補scRNA-seq，CITE-seq蛋白質(zhì)表達 - 2022-11-24
Nature子刊：多用途深度學(xué)習(xí)方法sciPENN，可預(yù)測、插補scRNA-seq、CITE-seq蛋白質(zhì)表達
研究團隊開發(fā)了sciPENN深度學(xué)習(xí)模型，可以預(yù)測和估算蛋白質(zhì)表達，集成多個CITE-seq數(shù)據(jù)集，量化預(yù)測和估算不確定性。
測序中國 - 基因測序，深度學(xué)習(xí) - 2022-11-24
Genome Biol | scRNA-seq輔助分析新方法scGWAS，揭示性狀-細胞類型關(guān)聯(lián)圖譜
單細胞RNA測序（scRNA-seq）技術(shù)可以定量測量單個細胞的基因表達，能夠檢測細胞類型特異性的轉(zhuǎn)錄組特征，為解碼復(fù)雜疾病中由遺傳介導(dǎo)的細胞類型特異性提供了獨特的機會。
測序中國 - 單細胞RNA測序，細胞類型來進行性狀，胰腺和免疫系統(tǒng)的細胞 - 2022-11-18
Nat Genet：基于健康單細胞參考圖譜準確識別scRNA-seq數(shù)據(jù)中疾病相關(guān)細胞狀態(tài)
研究團隊評估了單細胞參考圖譜的選擇如何影響從疾病樣本scRNA-seq數(shù)據(jù)中識別細胞狀態(tài)變化。
測序中國 - scRNA-Seq，單細胞參考圖譜 - 2023-11-17
論文解讀│王忠/葛芹玉/楊蕊教授團隊：前列腺組織scRNA-seq細胞分型標志基因性能評價
研究結(jié)果將為在單細胞數(shù)據(jù)中選擇適當標記基因來精確注釋人類前列腺細胞類型提供可靠的客觀證據(jù)。
Genes and Diseases - 單細胞RNA測序，前列腺組織，scRNA-Seq - 2024-09-25
Cell子刊｜曾湘祥團隊發(fā)布單細胞測序數(shù)據(jù)工具箱——autoCell
該研究提出了一種用于scRNA-seq數(shù)據(jù)特征提取和缺失插補的深度模型autoCell。autoCell的關(guān)鍵創(chuàng)新是使用GMM來估計數(shù)據(jù)的潛在特征分布。
測序中國 - 創(chuàng)新，scRNA-seq數(shù)據(jù)特征，autoCell - 2023-01-11
單細胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)在非小細胞肺癌免疫微環(huán)境分析中應(yīng)用的研究進展
根據(jù)2020年的數(shù)據(jù)[1]，肺癌是世界上第二常見的癌癥，同時也是癌癥死亡的最重要原因。與小細胞肺癌相比，非小細胞肺癌（non-small cell lung cancer，NSCLC）更為常見[2]。
中國胸心血管外科臨床雜志 - 單細胞轉(zhuǎn)錄組，非小細胞肺癌，免疫微環(huán)境 - 2024-03-17
Front Immunol：強直性脊柱炎患者外周血單個核細胞的整合單細胞RNA-SEQ和ATAC-SEQ分析
強直性脊柱炎(AS)是一種免疫介導(dǎo)的脊柱關(guān)節(jié)病。該研究集中在T細胞如何參與AS的發(fā)病機制，這將豐富AS單細胞研究的數(shù)據(jù)，為理解AS的發(fā)病機制提供新的視角。
MedSci原創(chuàng) - 強直性脊柱炎，整合單細胞RNA-SEQ，ATAC-SEQ - 2022-02-19
GENOME BIOLOGY：scIBD用于增強單細胞染色質(zhì)可及性測序中異型雙聯(lián)體的檢測
scIBD 引入了一種自適應(yīng)策略來模擬高置信度異型雙聯(lián)體，并以迭代優(yōu)化的方式自我監(jiān)督雙聯(lián)體檢測。對各種模擬和真實數(shù)據(jù)集的全面基準測試證明了 scIBD 的卓越性能和穩(wěn)健性。
MedSci原創(chuàng) - 單細胞染色質(zhì)，單細胞染色質(zhì)可及性測序技術(shù)，scIBD，異型雙聯(lián)體 - 2023-10-11
Nature：利用RNA測序和空間成像技術(shù)成功構(gòu)建高分辨率人類心臟空間單細胞圖譜
研究團隊將單細胞RNA測序技術(shù)與高分辨率多重誤差魯棒熒光原位雜交（MERFISH）技術(shù)相結(jié)合，繪制了發(fā)育中人類心臟的高分辨率空間單細胞圖譜，解析了發(fā)育中人類心臟的細胞類型。
測序中國 - RNA測序，空間成像技術(shù)，心臟空間單細胞圖譜 - 2024-04-14
單細胞測序與GWAS整合分析工具：sc-linker可識別疾病關(guān)鍵細胞類型和細胞過程
全基因組關(guān)聯(lián)研究（GWAS）已成功識別出數(shù)千種與疾病相關(guān)的變異，其中約95%的風(fēng)險變異位于非編碼調(diào)控區(qū)域。但這些變異驅(qū)動的復(fù)雜疾病和性狀的細胞機制在很大程度上仍然未知。
測序中國 - 單細胞測序，GWAS整合分析工具 - 2022-11-10
Circulation：單細胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)揭示不同器官內(nèi)皮細胞的轉(zhuǎn)錄特征
內(nèi)皮細胞(EC)根據(jù)其所處的血管和組織表現(xiàn)出相當大的功能異質(zhì)性。雖然這些功能上的差異可能被記錄在轉(zhuǎn)錄組中，但維持EC異質(zhì)性的通路和網(wǎng)絡(luò)尚未完全明確。
MedSci原創(chuàng) - 內(nèi)皮細胞，轉(zhuǎn)錄組，單細胞RNA測序 - 2020-09-19
GPB：國家兒童醫(yī)學(xué)中心/北京兒童醫(yī)院發(fā)表基于單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)準確識別病毒感染信息的新算法DVsc
該研究開發(fā)了一套新流程DVsc，利用單細胞RNA測序探索病毒復(fù)制過程中的病毒多樣性和細胞變異，能夠同時檢測感染的細胞，揭示細胞內(nèi)多種病毒的組成。
測序中國 - 單細胞RNA測序，DVsc - 2023-12-29
Mol Cancer：山東大學(xué)馮強團隊揭示了癌癥相關(guān)成纖維細胞與腫瘤微環(huán)境之間的串擾
該研究通過泛腫瘤空間分辨單細胞分析揭示了癌癥相關(guān)成纖維細胞與腫瘤微環(huán)境之間的串擾。
醫(yī)藥加學(xué)習(xí)班 - 腫瘤微環(huán)境，癌癥相關(guān)成纖維細胞 - 2023-10-26
Nature Genetics：迄今最全面乳腺癌單細胞空間圖譜
2021年9月6日，澳大利亞Garvan醫(yī)學(xué)研究所的研究團隊在 Nature 子刊 Nature Genetics 上發(fā)表了題為：A single-cell and spatially resolve
“E藥世界”公眾號 - 乳腺癌 - 2021-09-22
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