NBT：任兵團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)新型高通量單細(xì)胞染色質(zhì)構(gòu)象分析技術(shù)Droplet Hi-C，填補(bǔ)異質(zhì)組織染色質(zhì)分析的關(guān)鍵空白
研究團(tuán)隊(duì)介紹了一種高度可擴(kuò)展的、基于液滴的單細(xì)胞Hi-C方法——Droplet Hi-C，它可使用商業(yè)微流體裝置在液滴中進(jìn)行高通量單細(xì)胞染色質(zhì)構(gòu)象分析。
測(cè)序中國(guó) - 高通量單細(xì)胞染色質(zhì)構(gòu)象分析，Droplet Hi-C - 2024-11-05
Science: 利用HI-C 3D基因組組裝蟲(chóng)媒基因組
研究人員Hi-C數(shù)據(jù)與現(xiàn)有的草稿組合進(jìn)行組合，以生成染色體長(zhǎng)度的scaffold。并且通過(guò)組裝人類(lèi)基因組（從頭到尾）從單純閱讀（67X覆蓋）來(lái)驗(yàn)證這種方法。
MedSci原創(chuàng) - HI-C，3D基因組 - 2017-04-16
Nat Commun：結(jié)合HiFi、Hi-C技術(shù)優(yōu)勢(shì)的新算法pstools，可高效、準(zhǔn)確重建癌癥染色體單倍型基因組
該研究將高分辨率測(cè)序技術(shù)應(yīng)用于COLO829癌癥系，并開(kāi)發(fā)了一種快速、準(zhǔn)確的計(jì)算方法pstools。
測(cè)序中國(guó) - 癌癥染色體單倍型基因組，pstools - 2023-05-06
Nature Genetics | DeepLoop：利用低深度Hi-C數(shù)據(jù)繪制人類(lèi)基因組等位基因特異性染色質(zhì)互作圖譜
研究團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)了DeepLoop，執(zhí)行嚴(yán)格的偏差校正，通過(guò)基于深度學(xué)習(xí)的信號(hào)增強(qiáng)，從低深度Hi-C數(shù)據(jù)中實(shí)現(xiàn)穩(wěn)健的染色質(zhì)相互作用映射。
測(cè)序中國(guó) - 等位基因，基因圖譜，低深度Hi-C數(shù)據(jù) - 2022-08-09
Genome Biol：科學(xué)家提出提高癌癥診斷準(zhǔn)確性的新方法
經(jīng)常在癌細(xì)胞中觀察到基因組結(jié)構(gòu)的大規(guī)模變化。英國(guó)劍橋巴布拉姆研究所的科學(xué)家們發(fā)現(xiàn)了一種檢測(cè)這些變化的方法，可以增強(qiáng)癌癥診斷并幫助使用靶向治療。
來(lái)寶網(wǎng) - 癌癥，基因，診斷 - 2017-07-05
Genome Biology：科學(xué)家提出提高癌癥診斷準(zhǔn)確性的新方法！
經(jīng)常在癌細(xì)胞中觀察到基因組結(jié)構(gòu)的大規(guī)模變化。英國(guó)劍橋巴布拉姆研究所的科學(xué)家們發(fā)現(xiàn)了一種檢測(cè)這些變化的方法，可以增強(qiáng)癌癥診斷并幫助使用靶向治療。
來(lái)寶網(wǎng) - 基因組，癌癥，診斷 - 2017-07-05
Cell：新技術(shù)揭開(kāi)基因遠(yuǎn)距離調(diào)控與疾病關(guān)系
11月18日Cell上的一篇文章用啟動(dòng)子捕獲Hi-C技術(shù)分析基因和距離遙遠(yuǎn)的序列之間的相互作用。研究結(jié)果能夠解釋大量遺傳數(shù)據(jù)的生物學(xué)意義，將DNA序列的微小變化和疾病風(fēng)險(xiǎn)連接起來(lái)。
生物探索 - 基因遠(yuǎn)距離調(diào)控，疾病，關(guān)系 - 2016-11-22
Nat Commun：新研究確認(rèn)110個(gè)基因與乳腺癌風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)
乳腺癌是女性最高發(fā)的癌癥，預(yù)估風(fēng)險(xiǎn)對(duì)提高乳腺癌患者的存活率關(guān)系重大。英國(guó)研究人員最近通過(guò)一種新的測(cè)序技術(shù)發(fā)現(xiàn)了110個(gè)與乳腺癌風(fēng)險(xiǎn)有關(guān)的基因，可望為通過(guò)基因檢測(cè)來(lái)預(yù)估乳腺癌風(fēng)險(xiǎn)鋪平道路。
新華社 - 乳腺癌，Capture，HI-C，患病風(fēng)險(xiǎn) - 2018-03-19
Nature：3D圖像首次揭示細(xì)胞中DNA的折疊特征
在最近一項(xiàng)研究中，科學(xué)家們首次通過(guò)模擬哺乳動(dòng)物單個(gè)細(xì)胞基因組的物理結(jié)構(gòu)，給我們展示了關(guān)于DNA在細(xì)胞中包裝的獨(dú)特視角。通過(guò)這項(xiàng)新的技術(shù)，科學(xué)家們能夠理解細(xì)胞中染色體的組合方式，以及決定細(xì)胞活化或者不活化的分子基礎(chǔ)。目前該技術(shù)僅僅在小鼠的細(xì)胞上進(jìn)行了試驗(yàn)，不過(guò)它能夠清楚地幫助我們理解動(dòng)物生長(zhǎng)發(fā)育的
生物谷 - DNA，基因組，3D，成像 - 2017-03-21
Nature Genetics：整合三種方法，癌癥突變研究新時(shí)代
賓州大學(xué)的研究人員開(kāi)發(fā)出了一種可以更全面地了解癌癥的新方法，這種確定癌癥突變的新方法有助于研發(fā)更有針對(duì)性的治療方案。
生物通 - 癌細(xì)胞，結(jié)構(gòu)變異，突變 - 2018-09-14
Cell：解鎖人類(lèi)早期胚胎發(fā)育之謎
12 月 5 日，《自然》雜志刊發(fā)了中國(guó)科學(xué)院北京基因組所研究員劉江團(tuán)隊(duì)與中國(guó)科學(xué)院院士、山東大學(xué)附屬生殖醫(yī)院教授陳子江團(tuán)隊(duì)合作成果。該研究首次揭示了人類(lèi)早期胚胎中的染色體三維結(jié)構(gòu)的動(dòng)態(tài)變化，并發(fā)現(xiàn) CTCF 蛋白對(duì)于早期胚胎發(fā)育中拓?fù)湎嚓P(guān)結(jié)構(gòu)域（TAD 結(jié)構(gòu)）有著重要的調(diào)控功能，為進(jìn)一步揭示人類(lèi)胚胎發(fā)育機(jī)制提供了理論基礎(chǔ)。
中國(guó)科學(xué)報(bào) - 胚胎 - 2019-12-06
Nature：哺乳動(dòng)物基因組三維結(jié)構(gòu)首次確定
英國(guó)醫(yī)學(xué)研究理事會(huì)網(wǎng)站日前報(bào)道稱(chēng)，英國(guó)科學(xué)家從單個(gè)細(xì)胞中確定出完整保存的哺乳動(dòng)物基因組的首個(gè) 3D 結(jié)構(gòu)，顯示了細(xì)胞核內(nèi)所有染色體中的 DNA 是如何復(fù)雜地折疊在一起的。該項(xiàng)研究成果發(fā)表在近日出版的《自然》雜志上。很多人對(duì)于呈現(xiàn)“X”形狀的染色體十分熟悉，但事實(shí)上，染色體僅在細(xì)胞分裂時(shí)呈現(xiàn)這種形態(tài)。英國(guó)劍橋大學(xué)和英國(guó)醫(yī)學(xué)研究理事會(huì)分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室的研究人員，利用一種圖像組合和對(duì) DNA 不
科技日?qǐng)?bào)/鄭煥斌 - 哺乳動(dòng)物，基因組，三維結(jié)構(gòu) - 2017-03-17
Nat Commun：前列腺癌轉(zhuǎn)錄組與疾病風(fēng)險(xiǎn)的相關(guān)性闡釋了新的機(jī)制
最近，有研究人員訓(xùn)練了前列腺組織基因表達(dá)順式調(diào)控模型，并對(duì)來(lái)源于2個(gè)大群體的233955名歐洲血統(tǒng)的男性（14616前列腺癌（PrCa）案例，219939例對(duì)照）的全基因組轉(zhuǎn)錄數(shù)據(jù)進(jìn)行了分析。研究發(fā)現(xiàn)，在12014個(gè)評(píng)估的基因中，研究人員鑒定了38個(gè)與PrCa相關(guān)的基因，并且許多基因在Kaiser Permanente RPGEH中重復(fù)。TMPRSS2表達(dá)的提高與PrCa風(fēng)險(xiǎn)的增加相關(guān)（與之前報(bào)道
MedSci原創(chuàng) - 前列腺癌，轉(zhuǎn)錄組，新機(jī)制 - 2019-07-25
Cell Rep：一個(gè)前列腺癌風(fēng)險(xiǎn)元件具有抑制回路的功能，并調(diào)控HOXA13
研究人員進(jìn)行了Hi-C分析并且闡釋了該區(qū)域具有很長(zhǎng)范圍的與HOXA位點(diǎn)互作的區(qū)域，大約相距873kb。利用CRISPR/Cas9系統(tǒng)，研究人員敲除了一
MedSci原創(chuàng) - 前列腺癌，HOXA13，風(fēng)險(xiǎn) - 2017-11-21
Nature子刊：譚濟(jì)民/夏波等開(kāi)發(fā)基因組構(gòu)象預(yù)測(cè)模型C.Origami及高通量計(jì)算遺傳篩選新方法
未來(lái)的基因組學(xué)研究將更多的轉(zhuǎn)向使用利用深度學(xué)習(xí)模型作為工具來(lái)進(jìn)行主要計(jì)算遺傳篩選，并輔以生物實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的新一代高通量研究方法。
生物世界 - C.Origami，基因組構(gòu)象 - 2023-01-11
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