Nature子刊 | 多用途深度學(xué)習(xí)方法sciPENN，可預(yù)測、插補scRNA-seq、CITE-seq蛋白質(zhì)表達
綜上所述，研究團隊開發(fā)了sciPENN深度學(xué)習(xí)模型，可以預(yù)測和估算蛋白質(zhì)表達，集成多個CITE-seq數(shù)據(jù)集，量化預(yù)測和估算不確定性。
測序中國 - sciPENN，、插補scRNA-seq，CITE-seq蛋白質(zhì)表達 - 2022-11-24
Nature子刊：多用途深度學(xué)習(xí)方法sciPENN，可預(yù)測、插補scRNA-seq、CITE-seq蛋白質(zhì)表達
研究團隊開發(fā)了sciPENN深度學(xué)習(xí)模型，可以預(yù)測和估算蛋白質(zhì)表達，集成多個CITE-seq數(shù)據(jù)集，量化預(yù)測和估算不確定性。
測序中國 - 基因測序，深度學(xué)習(xí) - 2022-11-24
Front Immunol：強直性脊柱炎患者外周血單個核細胞的整合單細胞RNA-SEQ和ATAC-SEQ分析
強直性脊柱炎(AS)是一種免疫介導(dǎo)的脊柱關(guān)節(jié)病。該研究集中在T細胞如何參與AS的發(fā)病機制，這將豐富AS單細胞研究的數(shù)據(jù)，為理解AS的發(fā)病機制提供新的視角。
MedSci原創(chuàng) - 強直性脊柱炎，整合單細胞RNA-SEQ，ATAC-SEQ - 2022-02-19
SCI REP：利用 RNA-Seq 鑒別細菌和病毒感染
近日，國際雜志 《SCI REP》在線發(fā)表一項關(guān)于利用 RNA-Seq 鑒別細菌和病毒感染的研究。
MedSci原創(chuàng) - 感染，細菌 - 2017-08-06
Science：開發(fā)出TT-Seq技術(shù)繪制人類瞬時轉(zhuǎn)錄組圖譜
基因之間的序列長期以來被視為“垃圾DNA”，我們?nèi)缃裰浪鼈円舶l(fā)揮著至關(guān)重要的功能。這些DNA區(qū)域發(fā)生的突變能夠嚴重地對人類發(fā)育造成損害，而且可能在生命后期導(dǎo)致嚴重疾病。然而，在此之前，調(diào)節(jié)性DNA序列一直很難發(fā)現(xiàn)。如今，在一項新的研究中，德國慕尼黑理工大學(xué)計算生物學(xué)教授Julien Gagneur團隊和德國馬克斯普朗克生物物理化學(xué)研究所教授Patrick Cramer團隊如今開發(fā)出一種方法可
生物谷 - TT-Seq技術(shù)，人類瞬時轉(zhuǎn)錄 - 2016-06-04
重磅 | 人人可及，時空組學(xué)技術(shù)Stereo-seq再次升級
重磅 | 人人可及，時空組學(xué)技術(shù)Stereo-seq再次升級
網(wǎng)絡(luò) - 2022-11-04
Nucleic Acids Res:Tn-Seq數(shù)據(jù)統(tǒng)計方法新進展
近期，Nucleic Acids Res中一篇文章指出，Tn-Seq數(shù)據(jù)統(tǒng)計方法有了新進展。Tn-Seq是一種通過對復(fù)雜的隨機轉(zhuǎn)座子插入庫的構(gòu)造，來探索基因功能的實驗方法；通過使用新一代的測序技術(shù)，對每一個突變的度進行量化。識別基因的相互作用是Tn-Seq的一項新興應(yīng)用，這包含了在不同遺傳背景下進行Tn突變庫的比較（例如野生型菌株與敲除型的比較）。為了識別基因間的相互作用，提出幾種Tn-Seq數(shù)據(jù)
MedSci原創(chuàng) - Tn-Seq，量化，基因 - 2017-03-25
按需治療非糜爛性胃食管反流?。?font color="red">NERD）療效理想
其中約有60%的患者屬于非糜爛性胃食管反流?。?font color="red">NERD），即僅有燒心和反流的癥狀。
dxy - 非糜爛性胃食管反流病 - 2013-09-02
利用Perturb-Seq和CRISP-Seq大規(guī)模平行分析數(shù)以萬計基因擾動
單細胞篩選：一種向?qū)NA（gRNA）文庫---每個gRNA靶向一個獨特的基因用于CRISPR干擾，并且攜帶一種獨特的條形碼序列---被導(dǎo)入一個細胞群體中，這個細胞群體的密度確保一個gRNA平均進入一個細胞中。單個細胞隨后被分選到攜帶添加著獨特條形碼的polyT引物的液滴中，這些引物被用來提取細胞的mRNA。隨后，對這些mRNA進行測序揭示出引入的基因突變（所引入的突變是由gRNA決
生物谷 - 基因擾動，CRISPR，Cas9，Perturb-Seq，CRISP-Seq，向?qū)NA，mRNA，條形碼 - 2017-03-28
CLIP-seq—動物miRNA靶基因篩選新方法
CLIP-seq，即紫外交聯(lián)免疫沉淀結(jié)合高通量測序(crosslinking-immunprecipitation and high-throughput sequencing),是一項在全基因組水平揭示
MedSci原創(chuàng) - CLIP-seq，miRNA - 2014-01-10
基于RNA-Seq的長非編碼RNA（lncRNA）預(yù)測
當前l(fā)ncRNA研究主要采用高通量RNA-Seq測序技術(shù)，并通過生物信息學(xué)方法對測序數(shù)據(jù)進行處理和分析，以挖掘其中l(wèi)ncRNA的序列、結(jié)構(gòu)、表達及功
生物化學(xué)與生物物理學(xué)進展 - RNA-Seq，長非編碼RNA - 2014-01-03
甲基化DNA免疫共沉淀測序原理及簡介（MeDIP-seq）
MeDIP-Seq（Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing）測序是基于抗體富集原理進行測序的全基因組甲基化檢測技術(shù)，采用甲基化DNA免疫共沉淀技術(shù)研究人員可以利用MeDIP-Seq
MedSci原創(chuàng) - 甲基化，免疫共沉淀 - 2014-02-05
RNA-seq方法原理、數(shù)據(jù)分析、數(shù)據(jù)庫及工具全面介紹
bsp;- De novo assembly of short reads with robust error correction. An improvement on early versions of SSAKE. *?Velvet?- Velvet is a de novo genomic assembler specially designed for sho
MedSci原創(chuàng) - RNA-Seq，數(shù)據(jù)，數(shù)據(jù)庫 - 2014-01-04
RNA-seq技術(shù)揭示與前列腺癌有關(guān)的新型融合基因
973首席科學(xué)家第二軍醫(yī)大學(xué)上海長海醫(yī)院孫穎浩教授運用RNA-seq技術(shù)首次對中國人前列腺癌及癌旁組織進行系統(tǒng)研究，發(fā)現(xiàn)新型融合基因、癌相關(guān)長鏈非編碼RNA、異構(gòu)體和點突變。研究
MedSci原創(chuàng) - 前列腺癌，融合基因 - 2012-03-21
Genome Res：新的多重Digenome-seq工具讓CRISPR-Cas9飛得更高
自從2013年1月首次用于基因組編輯以來，CRISPR-Cas9的知名度與日俱增。讓它如此引人注目的原因在于它驚人的高效性和實用性；簡而言之，它比較容易使用。去年，來自韓國基礎(chǔ)科學(xué)研究所基因組工程中心的Jin-Soo Kim研究團隊在Cell Stem Cell期刊上發(fā)表一篇標題為“Functional Correction of Large Factor VIII Gene Chromoso
MedSci原創(chuàng) - CRISPR，工具 - 2016-02-06
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