Genome Biol | scRNA-seq輔助分析新方法scGWAS，揭示性狀-細(xì)胞類型關(guān)聯(lián)圖譜
單細(xì)胞RNA測序（scRNA-seq）技術(shù)可以定量測量單個(gè)細(xì)胞的基因表達(dá)，能夠檢測細(xì)胞類型特異性的轉(zhuǎn)錄組特征，為解碼復(fù)雜疾病中由遺傳介導(dǎo)的細(xì)胞類型特異性提供了獨(dú)特的機(jī)會。
測序中國 - 單細(xì)胞RNA測序，細(xì)胞類型來進(jìn)行性狀，胰腺和免疫系統(tǒng)的細(xì)胞 - 2022-11-18
Nature子刊 | 多用途深度學(xué)習(xí)方法sciPENN，可預(yù)測、插補(bǔ)scRNA-seq、CITE-seq蛋白質(zhì)表達(dá)
綜上所述，研究團(tuán)隊(duì)開發(fā)了sciPENN深度學(xué)習(xí)模型，可以預(yù)測和估算蛋白質(zhì)表達(dá)，集成多個(gè)CITE-seq數(shù)據(jù)集，量化預(yù)測和估算不確定性。
測序中國 - sciPENN，、插補(bǔ)scRNA-seq，CITE-seq蛋白質(zhì)表達(dá) - 2022-11-24
Nature子刊：多用途深度學(xué)習(xí)方法sciPENN，可預(yù)測、插補(bǔ)scRNA-seq、CITE-seq蛋白質(zhì)表達(dá)
研究團(tuán)隊(duì)開發(fā)了sciPENN深度學(xué)習(xí)模型，可以預(yù)測和估算蛋白質(zhì)表達(dá)，集成多個(gè)CITE-seq數(shù)據(jù)集，量化預(yù)測和估算不確定性。
測序中國 - 基因測序，深度學(xué)習(xí) - 2022-11-24
Nat Genet：基于健康單細(xì)胞參考圖譜準(zhǔn)確識別scRNA-seq數(shù)據(jù)中疾病相關(guān)細(xì)胞狀態(tài)
研究團(tuán)隊(duì)評估了單細(xì)胞參考圖譜的選擇如何影響從疾病樣本scRNA-seq數(shù)據(jù)中識別細(xì)胞狀態(tài)變化。
測序中國 - scRNA-Seq，單細(xì)胞參考圖譜 - 2023-11-17
論文解讀│王忠/葛芹玉/楊蕊教授團(tuán)隊(duì)：前列腺組織scRNA-seq細(xì)胞分型標(biāo)志基因性能評價(jià)
研究結(jié)果將為在單細(xì)胞數(shù)據(jù)中選擇適當(dāng)標(biāo)記基因來精確注釋人類前列腺細(xì)胞類型提供可靠的客觀證據(jù)。
Genes and Diseases - 單細(xì)胞RNA測序，前列腺組織，scRNA-Seq - 2024-09-25
Front Immunol：強(qiáng)直性脊柱炎患者外周血單個(gè)核細(xì)胞的整合單細(xì)胞RNA-SEQ和ATAC-SEQ分析
強(qiáng)直性脊柱炎(AS)是一種免疫介導(dǎo)的脊柱關(guān)節(jié)病。該研究集中在T細(xì)胞如何參與AS的發(fā)病機(jī)制，這將豐富AS單細(xì)胞研究的數(shù)據(jù)，為理解AS的發(fā)病機(jī)制提供新的視角。
MedSci原創(chuàng) - 強(qiáng)直性脊柱炎，整合單細(xì)胞RNA-SEQ，ATAC-SEQ - 2022-02-19
SCI REP：利用 RNA-Seq 鑒別細(xì)菌和病毒感染
近日，國際雜志 《SCI REP》在線發(fā)表一項(xiàng)關(guān)于利用 RNA-Seq 鑒別細(xì)菌和病毒感染的研究。
MedSci原創(chuàng) - 感染，細(xì)菌 - 2017-08-06
Science：開發(fā)出TT-Seq技術(shù)繪制人類瞬時(shí)轉(zhuǎn)錄組圖譜
基因之間的序列長期以來被視為“垃圾DNA”，我們?nèi)缃裰浪鼈円舶l(fā)揮著至關(guān)重要的功能。這些DNA區(qū)域發(fā)生的突變能夠嚴(yán)重地對人類發(fā)育造成損害，而且可能在生命后期導(dǎo)致嚴(yán)重疾病。然而，在此之前，調(diào)節(jié)性DNA序列一直很難發(fā)現(xiàn)。如今，在一項(xiàng)新的研究中，德國慕尼黑理工大學(xué)計(jì)算生物學(xué)教授Julien Gagneur團(tuán)隊(duì)和德國馬克斯普朗克生物物理化學(xué)研究所教授Patrick Cramer團(tuán)隊(duì)如今開發(fā)出一種方法可
生物谷 - TT-Seq技術(shù)，人類瞬時(shí)轉(zhuǎn)錄 - 2016-06-04
重磅 | 人人可及，時(shí)空組學(xué)技術(shù)Stereo-seq再次升級
重磅 | 人人可及，時(shí)空組學(xué)技術(shù)Stereo-seq再次升級
網(wǎng)絡(luò) - 2022-11-04
Nucleic Acids Res:Tn-Seq數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)方法新進(jìn)展
近期，Nucleic Acids Res中一篇文章指出，Tn-Seq數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)方法有了新進(jìn)展。Tn-Seq是一種通過對復(fù)雜的隨機(jī)轉(zhuǎn)座子插入庫的構(gòu)造，來探索基因功能的實(shí)驗(yàn)方法；通過使用新一代的測序技術(shù)，對每一個(gè)突變的度進(jìn)行量化。識別基因的相互作用是Tn-Seq的一項(xiàng)新興應(yīng)用，這包含了在不同遺傳背景下進(jìn)行Tn突變庫的比較（例如野生型菌株與敲除型的比較）。為了識別基因間的相互作用，提出幾種Tn-Seq數(shù)據(jù)
MedSci原創(chuàng) - Tn-Seq，量化，基因 - 2017-03-25
利用Perturb-Seq和CRISP-Seq大規(guī)模平行分析數(shù)以萬計(jì)基因擾動(dòng)
單細(xì)胞篩選：一種向?qū)NA（gRNA）文庫---每個(gè)gRNA靶向一個(gè)獨(dú)特的基因用于CRISPR干擾，并且攜帶一種獨(dú)特的條形碼序列---被導(dǎo)入一個(gè)細(xì)胞群體中，這個(gè)細(xì)胞群體的密度確保一個(gè)gRNA平均進(jìn)入一個(gè)細(xì)胞中。單個(gè)細(xì)胞隨后被分選到攜帶添加著獨(dú)特條形碼的polyT引物的液滴中，這些引物被用來提取細(xì)胞的mRNA。隨后，對這些mRNA進(jìn)行測序揭示出引入的基因突變（所引入的突變是由gRNA決
生物谷 - 基因擾動(dòng)，CRISPR，Cas9，Perturb-Seq，CRISP-Seq，向?qū)NA，mRNA，條形碼 - 2017-03-28
CLIP-seq—?jiǎng)游飉iRNA靶基因篩選新方法
CLIP-seq，即紫外交聯(lián)免疫沉淀結(jié)合高通量測序(crosslinking-immunprecipitation and high-throughput sequencing),是一項(xiàng)在全基因組水平揭示
MedSci原創(chuàng) - CLIP-seq，miRNA - 2014-01-10
基于RNA-Seq的長非編碼RNA（lncRNA）預(yù)測
當(dāng)前l(fā)ncRNA研究主要采用高通量RNA-Seq測序技術(shù)，并通過生物信息學(xué)方法對測序數(shù)據(jù)進(jìn)行處理和分析，以挖掘其中l(wèi)ncRNA的序列、結(jié)構(gòu)、表達(dá)及功
生物化學(xué)與生物物理學(xué)進(jìn)展 - RNA-Seq，長非編碼RNA - 2014-01-03
甲基化DNA免疫共沉淀測序原理及簡介（MeDIP-seq）
MeDIP-Seq（Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing）測序是基于抗體富集原理進(jìn)行測序的全基因組甲基化檢測技術(shù)，采用甲基化DNA免疫共沉淀技術(shù)研究人員可以利用MeDIP-Seq
MedSci原創(chuàng) - 甲基化，免疫共沉淀 - 2014-02-05
RNA-seq方法原理、數(shù)據(jù)分析、數(shù)據(jù)庫及工具全面介紹
bsp;- De novo assembly of short reads with robust error correction. An improvement on early versions of SSAKE. *?Velvet?- Velvet is a de novo genomic assembler specially designed for sho
MedSci原創(chuàng) - RNA-Seq，數(shù)據(jù)，數(shù)據(jù)庫 - 2014-01-04
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