#spATAC-seq#

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空間染色質(zhì) spATAC-seq
2025-02-03發(fā)表于陜西省

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#spATAC-seq# 染色質(zhì)開(kāi)放性反映了轉(zhuǎn)錄因子等反式作用因子在DNA復(fù)制或轉(zhuǎn)錄過(guò)程中與順式調(diào)控元件結(jié)合的程度。這一特性與基因調(diào)控的活性密切相關(guān)。海量的單細(xì)胞染色質(zhì)開(kāi)放性測(cè)序(scATAC-seq)數(shù)據(jù),能夠細(xì)致刻畫(huà)細(xì)胞間的異質(zhì)性,并為解析生物調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的運(yùn)行機(jī)制提供了寶貴信息。 近年來(lái),空間組學(xué)技術(shù)逐漸成熟??臻g染色質(zhì)開(kāi)放性測(cè)序(spATAC-seq)作為空間組學(xué)的重要分支,不僅能揭示組織的表觀遺傳特征,還提供每個(gè)測(cè)序位點(diǎn)的空間位置信息,為研究表觀遺傳異質(zhì)性和組織空間結(jié)構(gòu)的關(guān)聯(lián)提供了全新視角。 整合分析一直是空間組學(xué)領(lǐng)域中的重要課題,其旨在通過(guò)多樣本聯(lián)合建模,消除數(shù)據(jù)中非生物學(xué)因素(如批次效應(yīng)和隨機(jī)噪聲)的干擾,保留充足的生物學(xué)信號(hào),使不同樣本之間具有可比性,同時(shí)提升統(tǒng)計(jì)分析的性能。通過(guò)對(duì)于spATAC-seq數(shù)據(jù)的多樣本整合,可以增強(qiáng)對(duì)組織、器官乃至生物體的空間結(jié)構(gòu)以及發(fā)育動(dòng)態(tài)的解析,更全面地刻畫(huà)組織結(jié)構(gòu),構(gòu)建全局表觀遺傳圖譜,從而挖掘生物學(xué)信息并解析調(diào)控邏輯。然而,目前尚缺乏專門針對(duì)多樣本spATAC-seq數(shù)據(jù)的整合方法,阻礙了針對(duì)這類數(shù)據(jù)的多樣本協(xié)同分析。
2025-02-03發(fā)表于浙江省
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